桶裝純凈水生產線設備生產用水消毒在國際上，飲用水消毒領域普遍使用的方法是二氧化氯消毒劑進行消毒。因為二氧化氯消毒劑具有安全、廣譜以及作用快，時間段、不會產生三致物質（致畸、致癌、致突變）、對人體無刺激等優點，而被世界衛生組織列為A1級安全消毒劑，而且能除去水中的異味和有色的鐵、錳等離子，改善水質，用0.5——1.0mg/L的二氧化氯可以直接加入水體殺菌。
灌裝設備、管道系統、水處理系統設備的消毒灌裝設備、管道系統、水處理系統設備的微生物污染的控制主要是實用化學消毒劑，蓄水池、不繡鋼管道、水處理設備（包括超濾系統）、配料水槽、管道消毒的濃度為50mg/L，可采用擦洗、噴淋、浸泡循環等方式進行殺菌消毒，五分鐘后用純凈水或無菌水沖洗干凈。每周消毒一次。為減少膜系統的氧化，消毒時應注意避開含有膜系統的設備。
PE水桶、桶蓋消毒回收的包裝桶以及采購的桶蓋、瓶蓋，其衛生情況較差，空桶的清洗、消毒是否*，直接關系到產品的質量。是飲用水生產產品質量控制的重點。動態循環消毒回收的PE桶用堿洗水沖后再用50——80mg/L二氧化氯消毒液通過自動洗瓶機高壓噴射消毒，消毒時間為10——15秒。消毒后可以不需要用純凈水沖洗，稍控干桶內消毒液后即可灌裝，水中極微量的二氧化氯即可作為保鮮劑延長純凈水保質期。消毒液可循環使用，每隔2小時需要添加原消毒液加量的20%——30%作為消耗補充將消毒液配制成2000mg/L的濃縮液連續添加。消毒液每天配制。污染較重的回收桶、瓶需要先用50mg/L的二氧化氯消毒液浸泡5～10分鐘，而后用以上方法進行動態消毒。
